O INESC Porto foi constituído em 18 de dezembro de 1998, tendo como associados fundadores o INESC, a Universidade do Porto e a Faculdade de Engenharia da Universidade do Porto. Em junho de 2006, a Faculdade de Ciências da Universidade do Porto e o Instituto Politécnico do Porto tornaram-se igualmente associados do INESC Porto.

Atualmente tem como associados a Universidade do Porto, o INESC  e o Instituto Politécnico do Porto. A Faculdade de Engenharia e a Faculdade de Ciências da Universidade do Porto foram associados identificados autonomamente até à sua absorção pela Universidade do Porto, na sequência da transformação desta em Fundação.

Tendo origem no polo do Porto do INESC, criado em maio de 1985, o INESC Porto resultou de um processo de profunda reestruturação do INESC, que começou pela progressiva especialização local dos seus vários pólos e culminou na constituição de um conjunto de novas instituições. O INESC assume atualmente o papel de centro de orientação estratégica e consolidação nacional.